Das Präsidium leitet die Universität. Ihm gehören der Präsident, die Vizepräsident*innen und der Kanzler an.
Die Aufgaben des Präsidiums ergeben sich aus dem Thüringer Hochschulgesetz. Dementsprechend ist es u. a. für den Abschluss der Rahmenvereinbarung mit der Landesregierung, der Ziel- und Leistungsvereinbarungen mit dem zuständigen Ministerium, die Aufstellung und Fortschreibung der Struktur- und Entwicklungsplanungen, für die Aufstellung und Anpassung des Wirtschaftsplans unter Berücksichtigung und Würdigung der Stellungnahme des Senats sowie die Errichtung und Aufhebung von wissenschaftlichen Einrichtungen und Betriebseinheiten zuständig.
Darüber hinaus ist das Präsidium für alle Angelegenheiten zuständig, die nicht nach dem Thüringer Hochschulgesetz oder der Grundordnung einem anderen Organ zugewiesen sind. Es gibt sich dafür eine Geschäftsordnung, in der die Aufgaben und Zuständigkeiten der Mitglieder festgelegt werden.