Das Forschungszentrum Gotha der Universität Erfurt (FZG) wurde 2004 auf Anregung des Wissenschaftsrats als zentrale wissenschaftliche Einrichtung der Universität Erfurt (UE) gegründet. Die Gründung verfolgte ein doppeltes Ziel: Zum einen galt es, die historischen (Buch-)Bestände der Forschungsbibliothek Gotha (FBG), einer der bedeutendsten Frühneuzeitbibliotheken Deutschlands, die mit der Sammlung Perthes darüber hinaus ein einzigartiges Verlagsarchiv des 19. und 20. Jahrhunderts bewahrt und 1999 in die UE integriert worden war, zu erschließen und stärker in die Forschungsdiskussion einzuspeisen. Zum anderen sollte das Zentrum unter der Leitung seines Gründungsdirektors Peer Schmidt, eines Spezialisten für lateinamerikanische und südwesteuropäische Geschichte, dem Reformanspruch der Universität Erfurt hinsichtlich einer Stärkung der interdisziplinären geistes- und sozialwissenschaftlichen Forschung mit kulturwissenschaftlichem Fokus Rechnung tragen. Parallel dazu wurde mit Unterstützung der Fritz Thyssen Stiftung das seither vom FZG betreute internationale Herzog-Ernst-Stipendienprogramm (HES) ins Leben gerufen, mit dem inzwischen pro Jahr rund 25 Stipendiat*innen (Doktorand*innen und Postdoktorand*innen) für einen Forschungsaufenthalt von einem bis sechs Monaten nach Gotha kommen. Bislang konnten damit rund 300 Nachwuchswissenschaftler*innen aus der ganzen Welt gefördert werden. Ein Stipendium für etablierte Wissenschaftler*innen, das Hiob-Ludolf-Fellowship, sowie weitere Stipendienprogramme kamen in den letzten Jahren hinzu.
2007/2008 begann die Universität Erfurt einen tiefgreifenden Prozess der forschungsbezogenen Neuprofilierung und Schwerpunktbildung mit dem Ziel, neue Formen transdisziplinärer Zusammenarbeit zu etablieren. In diesem Zusammenhang sollte das FZG im alsbald bezogenen Pagenhaus von Schloss Friedenstein zu einem Forschungszentrum für die Kultur- und Wissensgeschichte der Neuzeit von überregionaler und internationaler Bedeutung ausgebaut werden. Um die neue strategische Ausrichtung zu untermauern, wurde 2008 ein eigener Lehrstuhl für Wissenskulturen der europäischen Neuzeit an der UE geschaffen, dessen Inhaber Martin Mulsow seither zugleich Direktor des FZG ist. 2009 wurde zudem eine Juniorprofessur für Wissenskulturen der europäischen Neuzeit am FZG eingerichtet, die bis 2015 der Frühneuzeithistoriker Alexander Schunka innehatte. In der Folge entwickelte sich das Zentrum rasch zu einer allgemein anerkannten Forschungs- und Begegnungsstätte für Frühneuzeitstudien von internationaler Ausstrahlung.
2012/13 beschloss die UE, die Struktur des FZG zu stärken und es zugleich inhaltlich breiter aufzustellen, indem der bisherige Schwerpunkt der Frühneuzeitlichen Wissenskulturen um eine zweite Abteilung zur Erforschung der Sammlung Perthes erweitert wurde. In enger Zusammenarbeit mit dem FZG richtete die UE deshalb eine Professur für die Globalgeschichte des 19. Jahrhunderts ein, die 2013 mit Iris Schröder besetzt wurde, die zugleich zur Stellvertretenden Direktorin des FZG ernannt wurde. Per Satzung vom März 2013 wurden – zunächst für fünf Jahre - zwei ständige Abteilungen eingerichtet sowie ein mit mehreren Personen besetztes Direktorium etabliert. Darüber hinaus erhielt das FZG die Stelle einer wissenschaftlichen Geschäftsführung, die seit Mai 2017 Markus Meumann innehat.
Mit dem Umzug des FZG in das sogenannte Historische Landschaftshaus, also dem ehemaligen Sitz der Stände des Herzogtums Sachsen-Gotha, am Schlossberg im Frühjahr 2018 sowie dem Ablauf der vorläufigen Satzung im selben Jahr wurde beschlossen, die bisherige zweite Abteilung des FZG unter der Leitung von Iris Schröder zu verselbständigen. Zu Jahresbeginn 2021 wurde zu diesem Zweck das Forschungskolleg Transkulturelle Studien/Sammlung Perthes ins Leben gerufen. Auch das Forschungszentrum, seit 2016 Teil des Sammlungs- und Forschungsverbunds Gotha, erhielt in diesem Zuge eine neue Satzung und konzentriert sich nun wieder ganz auf die Erforschung der Kultur- und Wissensgeschichte der Neuzeit, insbesondere mit Blick auf die Erschließung der Herzoglichen Sammlungen in der benachbarten FBG sowie der Stiftung Schloss Friedenstein Gotha durch drittmittelgeförderte Forschungsprojekte, Stipendien, Sommerschulen, Tagungen und Vortragsreihen.
