Die Universitätsbibliothek wurde als zentrale Bibliothek der Universität Erfurt bereits 1993, ein Jahr vor der (Wieder-)Gründung der Universität, ins Leben gerufen und begann in provisorischen Räumen und angemieteten Magazinen einen Buchbestand aufzubauen.
Am 18. September 1998 wurde der Grundstein für den Neubau der Universitätsbibliothek gelegt, im April 2000 zog die Bibliothek in den Neubau um und eröffnete dort am 28. August 2000 den Benutzungsbetrieb.
Die Universitätsbibliothek Erfurt (UBE) ist heute eine zentrale Dienstleistungseinrichtung der Universität Erfurt. Sie unterstützt maßgeblich Studium, Lehre und Forschung. Sie bietet eine nutzerorientierte Bestandsentwicklung (konventionell und digital); Präsenznutzung, Ortsleihe, Fernleihe und Zugriff auf eine Vielzahl digitaler Inhalte an. Zudem bietet sie ein umfassendes Beratungs- und Unterstützungsangebot rund um die Fragen des Forschungsdatenmanagements und der Digital Humanities. Das fachliche Bestandsprofil der Universitätsbibliothek folgt im Wesentlichen der geistes- und kulturwissenschaftlichen Ausrichtung der Universität. Die Universitätsbibliothek vermittelt Informationskompetenz, führt die Hochschulbibliographie und ermöglicht den Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern sowie Studierenden ein umfangreiches Beratungsangebot in Fragen des Elektronischen Publizierens.
Seit ihrer Gründung im Jahr 1993 hat sie die Bibliothek der ehemaligen kirchlichen Hochschule Naumburg (1995), die Bibliothek der Pädagogischen Hochschule Erfurt/Mühlhausen (1997), die Forschungs- und Landesbibliothek Gotha (1999) und die Bibliothek des Philosophisch-Theologischen Studiums Erfurt (2002) integriert. Darüber hinaus verwahrt die UBE heute die „Nachlässe“ der 1379 erstmals gegründeten älteren Universität Erfurt, darunter die einzigartige Bibliotheca Amploniana. Dieses Depositum der Stadt Erfurt zählt mit rd. 1000 Bänden zu den umfangreichsten noch erhaltenen spätmittelalterlichen Gelehrtenbibliotheken. Mit dem Thüringer Bibliotheksgesetz (ThürBibG) 2008 wurde die Bibliotheca Amploniana zum kulturellen Erbe Thüringens von europäischem Rang erklärt.
Seit 1995 gehört die UBE dem Gemeinsamen Bibliotheksverbund (GBV) an. Seit 2017 ist sie in den Kooperationsverbund der Hochschulbibliotheken in Thüringen eingebunden. 2018 wurde die 1999 integrierte Forschungsbibliothek Gotha als Wissenschaftliche Einrichtung der Universität Erfurt verselbständigt; die UBE versorgt als zentrale Dienstleistungseinrichtung den Campus Gotha der Universität Erfurt heute mit konventionellen und digitalen Medien.
Eine Bibliothek der Artistenfakultät der alten Universität Erfurt wird bereits mit der Eröffnung der Universität 1392 angenommen, aus ihr ging die allgemeine Universitätsbibliothek hervor. Neben systematischen Ankäufen waren es bis 1510 vor allem Schenkungen, durch die sich der Bestand vermehrte. Bei der Erstürmung des Collegium maius der Universität im Jahr 1510 wurde ein Teil der dort aufgestellten Bibliothek beschädigt. Der Ausbau der Bibliothek wurde offenbar spätestens seit dieser Zeit nicht mehr kontinuierlich fortgesetzt. Eine Belebung erfuhr die Bibliothek erst 1691, als der Rektor Georg Christoph Petri von Hartenfels (gest. 1718) 261 ungeordnet vorgefundene Bände als Bibliothek aufstellen ließ, einen Bibliothekar einsetzte, die Angehörigen der Universität zu Bücherschenkungen aufforderte und selbst Bücher gab.
Zu Anfang des 18. Jahrhunderts erhielt die auf 503 Bände angewachsene Universitätsbibliothek einen großen Zuwachs durch die Stiftung des kurmainzischen Statthalters in Erfurt, Philipp Wilhelm von Boineburg (gest. 1717), der im wesentlichen die Büchersammlung seines Vaters schenkte. Zur Förderung von Bibliothek und Universität legte Philipp Wilhelm von Boineburg 1716 ein Gesamt-fundationsinstrument vor, das neben der Stiftung der Bibliothek und einer Professur in der juristischen Fakultät der Universität auch ein Kapital von 10.000 Reichstalern vorsah.
Im 18. Jahrhundert wurde die Universitätsbibliothek durch die Aufnahme weiterer Sammlungen, wie der Bibliothek des aufgelösten Erfurter Jesuitenkollegs und des älteren Teils der Erfurter Ratsbibliothek, erweitert.
Im 19. Jahrhundert kamen vor der Schließung der Universität Teile der Bibliothek des Petersklosters, der Erfurter Kartause und des Schottenklosters hinzu. Nach der Universitätsschließung erhielt die nun so benannte königlich preußische Bibliothek die Buchbestände des säkularisierten Klosters der Augustinereremiten. Schließlich wurde auch die Büchersammlung des letzten kurmainzischen Statthalters Carl Theodor von Dalberg, die er zuvor zu gleichen Teilen dem evangelischen und katholischen Gymnasium übergebenen hatte, in der königlich preußischen Bibliothek zu Erfurt vereinigt. Sie war im Gebäude des kurmainzischen Packhofes auf dem Erfurter Anger (dem heutigen Angermuseum) untergebracht. Auch die Bibliotheca Amploniana, die über lange Zeit in den jeweiligen Räumlichkeiten des Collegium Porta Coeli ein Eigenleben führte, wurde nun in Räumlichkeiten des kurmainzischen Packhofes aufgestellt. 1908 gingen die Bestände der Königlich Preußischen Bibliothek in den Besitz der Stadt Erfurt über. 2001 wurden die historischen Handschriften- und Buchbestände der Stadt Erfurt, die in der Stadt- und Regionalbibliothek aufbewahrt worden waren, als Depositum der Stadt an die 1994 ins Leben gerufene Universität Erfurt überführt. Seitdem stehen die historischen Bestände der alten Erfurter Universität im Sonderlesesaal der Universitätsbibliothek zur Verfügung.
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